Atok使用中に、かな入力になってしまう現象ですが、どうやら「文字」キーで文字種を変えているとかな入力になってしまうようです。
対処法としてはフリーソフトのFEPTgl(TK109さん作)を使う方法(W-O3応援団騎馬隊(kpppm-hatena) さん情報)と、「Fn+文字」のキー入力の2種類があるようです。FEPTglの方は検証していませんが、「Fn+文字」ですと文字種の表示は「あ」のままで変りませんが、Atokがoffになります。もう一度「Fn+文字」を押せばAtokがonになります。
FEP(Atok)のon/off
PDA/W-ZERO3